Die AT-16 lässt in zwei verschiedenen Modi einsetzen: Zielerfassung vor dem Start (LOBL - Lock On Before Launch) und Zielerfassung nach dem Start (LOAL - Lock On After Launch). Im LOBL-Modus wird das Ziel vor dem Start der Lenkwaffe mit dem Laser anvisiert, anschließend feuert der Pilot die Lenkwaffe ab. Während die Lenkwaffe im Anflug ist, sollte die Sichtverbindung zwischen Helikopter und Ziel möglichst nicht unterbrochen werden, da die Lenkwaffe ansonsten das Ziel verlieren könnte. Dies bedeutet natürlich auch potenziell höhere Gefahr für die Luftfahrzeugbesatzung. Im LOAL-Modus wird die Lenkwaffe zunächst ohne ein Ziel abgefeuert, woraufhin sie zunächst auf eine gewisse Höhe steigt und dann versucht, einen Zielbezeichnungs-Laserstrahl zu finden, auf den sie zusteuern kann. Auf diese Weise ist es beispielsweise möglich, die Lenkwaffe aus der Deckung über einen Hügelkamm zu schießen, und erst kurz bevor die Lenkwaffe das Ziel erreicht aufzusteigen, das Ziel zu beleuchten und zu zerstören. Die Lenkwaffe fliegt oberhalb der der Visierlinie des Schützen. Da die Zielentfernung über den Laserentfernungsmesser bestimmt wird, stößt die Lenkwaffe erst kurz vor dem Einschlag von oben auf das Ziel herab. Diese Vorgehensweise dient hauptsächlich der Vermeidung von Kollisionen mit Hindernissen. Auch muss bei diesem Angriffsprofil der Hohlladungsgefechtskopf nur die dünne Dachpanzerung des Kampfpanzers durchschlagen. Die AT-16 kann daneben auch als Luft-Luft-Lenkwaffe gegen langsam fliegende Flugzeuge und Hubschrauber eingesetzt werden.